Em 1809, Manuel Coelho Paredes, dono de fazendas de gado, vai à região, seguindo cerca de 14 km de distância da foz do rio Manoel Gomes, que era povoada por aldeias indígenas Macamecrãs, considerados extintos atualmente devido a sua exploração. Com a ajuda de Elias Barros, construíram currais para sua fazenda de gado, depois subiram para o Porto da Cruz, para construírem outros currais, agora para as fazendas de Barros. Passado um ano, em 1810, um mascate goiano a caminho do Pará, Francisco José Pinto de Magalhães tenta convencer Coelho Paredes a desocupar as terras, pois estas eram propriedade do Príncipe, e quando teve sucesso, tratou de batizar o lugar de São Pedro de Alcântara, inicialmente com 42 habitantes. A comunidade não se desenvolveu, e se especula que os habitantes eram apenas familiares e agregados do próprio de Francisco Magalhães, que acabou por abandoná-la.
Em 1820, na volta de Belém, em companhia do padre Antônio Carlos Ramalho volta a se estabelecer no local, e passa incentivar o desenvolvimento, que desta vez conseguiu ter prosperidade. O deputado do governo provisório padre Luís Gonzaga de Camargo Fleury em passagem no ano de 1825, dá o nome de Carolina ao povoado, em memória da primeira Imperatriz. Já em 25 de outubro de 1831, o povoado foi elevado a vila, e no mesmo ano Goiás a anexa ao seu território, o que deu início a uma disputa entre o estado de Maranhão e de Goiás pela posse da vila, que só foi resolvida em 1854, pelo decreto n° 773, em 23 de agosto, quando volta a compor o estado do Maranhão.
A vila é elevada a cidade em um decreto em 8 de julho de 1859, data em que já comemorava 50 anos de fundação, mas que é comemorada como seu aniversário e contada apenas da data da emancipação política, que em 2023 é de 164 anos. Os prédios centenários que em maioria remontam à está época, tombados pelo Departamento do Patrimônio Histórico, Artístico e Paisagístico do Maranhão (DPHAP/MA) em 1992, compõem o centro histórico de Carolina, outro grande atrativo turístico.
