May 7, 2025
G. Menichetti, A-L Barabási, and J. Loscalzo (2024), Decoding the Foodome: Molecular Networks Connecting Diet and Health, Annual Review Of Nutrition, Vol. 44:257-288
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G. Menichetti, A-L Barabási, and J. Loscalzo (2024), Decoding the Foodome: Molecular Networks Connecting Diet and Health, Annual Review Of Nutrition, Vol. 44:257-288
看看網頁版全文 ⇨ 將Python的運算結果，用JavaScript的Cytoscape顯示 / Display the calculation results of Python in Cytoscape of JavaScript https://blog.pulipuli.info/2023/06/display-the-calculation-results-of-python-in-cytoscape-of-javascript.html 背後運算用Colab，前端顯示用JavaScript跟CSS，世界頓時開闊了起來。 ---- # 展示 / Demo https://colab.research.google.com/drive/1p7r1MeSsn0g9J53yt0EfzgeGEis-AHsu?usp=sharing。 整個範例請見上方Colab的分享連結。 開啟後可以按Ctrl + F9執行所有程式碼。 最後執行結果將會用JavaScript版本的Cytoscape繪製網路圖，還搭配了fcose排版技術來呈現。 整個結果當然也可以用滑鼠互動，包括用滑鼠左鍵移動可視範圍以及移動節點，也能用滑鼠中鍵放大、縮小可視範圍。 # 關鍵技術 / Key technologies。 整個展示程式碼的核心有三個關鍵。 第一是資料的輸入。 注意，這裡的資料仍然是Python的list資料類型，並不是JavaScript的JSON。 也就是說，你可以用任何你知道的資料分析方式來產生要輸入的資料，甚至可以透過語言模型來產生結果。 第二是JavaScript版本的Cytoscape結合fcose力引導排版的顯示程式碼。 這段程式碼是參考自cytoscape-fcose demo跟cytoscape.js-fcose的寫法。 你可以注意到裡面關於nodes節點與edges邊緣的變數用「%s」表示，這是因為稍後我們會將它取代為Python變數轉換成的JSON。 這段我引用了五個Cytoscape的程式碼，在此也備份一下：。 - cytoscape.min.js (備份) - layout-base.js (備份) - cose-base.js (備份) - cytoscape-layout-utilities.js (備份) - cytoscape-fcose.js (備份) 最後一段就是用Python的IPython.display顯示結果的功能。 IPython.display可以顯示HTML、Javascript、IFrame、Image等等，非常好用。 詳細說明請看IPython的說明。 這裡我用了HTML跟JavaScript來顯示結果，並搭配Python的字串插值(string interpolation)將Python的變數輸入到JavaScript字串中。 關於字串插值的做法，詳細可以看看自學成功道的介紹。 ---- 繼續閱讀 ⇨ 將Python的運算結果，用JavaScript的Cytoscape顯示 / Display the calculation results of Python in Cytoscape of JavaScript https://blog.pulipuli.info/2023/06/display-the-calculation-results-of-python-in-cytoscape-of-javascript.html
看看網頁版全文 ⇨ 將Python的運算結果，用JavaScript的Cytoscape顯示 / Display the calculation results of Python in Cytoscape of JavaScript https://blog.pulipuli.info/2023/06/display-the-calculation-results-of-python-in-cytoscape-of-javascript.html 背後運算用Colab，前端顯示用JavaScript跟CSS，世界頓時開闊了起來。 ---- # 展示 / Demo https://colab.research.google.com/drive/1p7r1MeSsn0g9J53yt0EfzgeGEis-AHsu?usp=sharing。 整個範例請見上方Colab的分享連結。 開啟後可以按Ctrl + F9執行所有程式碼。 最後執行結果將會用JavaScript版本的Cytoscape繪製網路圖，還搭配了fcose排版技術來呈現。 整個結果當然也可以用滑鼠互動，包括用滑鼠左鍵移動可視範圍以及移動節點，也能用滑鼠中鍵放大、縮小可視範圍。 # 關鍵技術 / Key technologies。 整個展示程式碼的核心有三個關鍵。 第一是資料的輸入。 注意，這裡的資料仍然是Python的list資料類型，並不是JavaScript的JSON。 也就是說，你可以用任何你知道的資料分析方式來產生要輸入的資料，甚至可以透過語言模型來產生結果。 第二是JavaScript版本的Cytoscape結合fcose力引導排版的顯示程式碼。 這段程式碼是參考自cytoscape-fcose demo跟cytoscape.js-fcose的寫法。 你可以注意到裡面關於nodes節點與edges邊緣的變數用「%s」表示，這是因為稍後我們會將它取代為Python變數轉換成的JSON。 這段我引用了五個Cytoscape的程式碼，在此也備份一下：。 - cytoscape.min.js (備份) - layout-base.js (備份) - cose-base.js (備份) - cytoscape-layout-utilities.js (備份) - cytoscape-fcose.js (備份) 最後一段就是用Python的IPython.display顯示結果的功能。 IPython.display可以顯示HTML、Javascript、IFrame、Image等等，非常好用。 詳細說明請看IPython的說明。 這裡我用了HTML跟JavaScript來顯示結果，並搭配Python的字串插值(string interpolation)將Python的變數輸入到JavaScript字串中。 關於字串插值的做法，詳細可以看看自學成功道的介紹。 ---- 繼續閱讀 ⇨ 將Python的運算結果，用JavaScript的Cytoscape顯示 / Display the calculation results of Python in Cytoscape of JavaScript https://blog.pulipuli.info/2023/06/display-the-calculation-results-of-python-in-cytoscape-of-javascript.html
好，正式確定了社會網路分析取代文字雲的分析價值。 ---- # 脈絡 / Context 最近為了分析學生在課堂的討論內容，我感覺到傳統的文字雲的上限。 文字雲終歸只能呈現出詞頻的數量，但是它不能展現出文字之間的脈絡，也就很難讓人瞭解文本中隱含的模式。 https://blog.pulipuli.info/2017/03/jieba-js-online-chinese-analyzer-jieba.html#postcatajieba-js-online-chinese-analyzer-jieba.html0_anchor4。 於是我改求助於社會網路分析。 我將斷詞後的詞彙視為節點(node)，出現在同一個段落的詞彙視為彼此連結的邊(edge)。 詞彙出現的頻率、詞彙與詞彙中連結的頻率，則作為權重設定到節點和邊上。 https://js.cytoscape.org/。 接著使用Cytoscape.js繪製社會網路分析圖，利用fcose力引導排版來繪製網路圖。 結果出乎意外地令人感到滿意。 出現頻率較高的詞彙，因為權重和邊的關係，在力引導排版下很容易出現在網路圖的中間。 加上結合權重調整的文字大小，使得出現頻率較高的詞彙更容易被看見。 這樣一來就已經達到了文字雲可以呈現的效果。 ---- # 社會網路分析 / Social network analysis。 ---- 你覺得社會網路分析跟文字探勘結合還可以怎麼用呢？靈感蒐集中！快快留言吧！。 ---- #Cytoscape #JavaScript #NetworkAnalysis 看看網頁版全文 ⇨ 不只文字雲，而是文字網路雲 / Word Network Graph https://blog.pulipuli.info/2023/02/word-network-graph.html
これが最初から欲しかった…探し回った時間よ…
SIFファイルの中身について解説
cy-rest-R - Example R script to use Cytoscape via RESTful API module.