Recuento Histórico
Fue fundada en 1585 por solicitud del jesuita Pedro Mercado, con donativos de Fernando Nuñez de Obregón y Juan Luis de Rivera, tesorero de la Casa de Moneda, quien fue también su patrono. La primitiva iglesia se construyó entre 1597 y 1610, siendo el constructor de la cubierta el arquitecto Melchor Pérez de Soto. Pocos años después, a consecuencia de la inundación de 1629, el edificio quedó arruinado, por lo que fue necesario remodelarlo . Esta vez la obra fue costeada por Gertrudis de la Peña, marquesa de las Torres de Rada, quien aportó 130 000 pesos. De acuerdo con algunas fuentes históricas se sabe que el arquitecto Pedro de Arrieta remodeló el interior, cambió el techo de madera, Campanario del lado derecho labró la portada principal y el segundo cuerpo de la laterál. la cúpula fue decorada por alumnos de la Academia de Bellas Artes, quienes trabajaron bajo la dirección de Pelegrín.
La iglesia fue dedicada el 28 de abril de 1720, bajo la dirección del arquitecto Pedro de Arrieta.
El 7 de marzo de 1743 el lego coadjutor del templo, José Villaseñor, asesinó al prepósito Nicolás Segura en este recinto, que funcionó en 1767 como anexo del Colegio de San lldefonso y más tarde, fue donado a la orden de San Felipe Neri.
A raíz de la expulsión de los jesuitas en 1767 la profesa fue cerrada, pero en 1768 los padres felipenses u oratorianos, cuya iglesia en la calle de San Felipe Neri (hoy del Salvador) fué arruinada por un terremoto, pidieron prestada al gobierno La Profesa. Tres años después en 1771 fue adquirido por 70,000 pesos, desde entonces, La Profesa se llamó también Oratorio de San Felipe Neri.
En 1805 comenzaron los trabajos para cambiar el estilo arquitectónico del edificio, el retablo principal fue sustituido por uno neoclásico, obra del arquitecto Manuel Tolsá, con esculturas de Pedro Patiño Ixtolinque.
Sumado a su valor artístico y cultural, tiene relevancia histórica, ya que figuró como uno de los escenarios que marcaron la trayectoria de México, pues la casa de ejercicios que tuvo anexa, llamada de San Ignacio, fue el lugar de reunión de un grupo conservador que redactó, el "Plan del Profesa" en 1820, a favor del absolutismo y contra la Constitución de 1812. En su interior se conservan pinturas y obras de arte de la época virreinal.
La Profesa tomó temporalmente las funciones de Catedral Metropolitana en 1926, y se convirtió en uno de los templos más ricos de la ciudad gracias al trabajo de artistas como Baltasar Echave Orio, Luis Juárez y Cristóbal de Villalpando.
Fue declarado monumento el 22 de agosto de 1932.
