Um dos períodos de maior modernização no TCE-RJ ocorreu na gestão do então presidente José Gomes Graciosa
Um dos períodos de maior desenvolvimento institucional do Tribunal de Contas do Estado do Rio de Janeiro ocorreu durante a presidência do conselheiro José Gomes Graciosa, de 2002 a 2006. Coincidiu com a implantação do Programa de Modernização do Controle Externo de Estados, Municípios e do Distrito Federal (Promoex) nos 33 tribunais de contas brasileiros. Porém, muitas ações de modernização do TCE-RJ desse período foram empreendidas pela alta administração do órgão independente deste programa. São várias mudanças, das quais destacam-se duas: a criação do Sistema Integrado de Gestão Fiscal (SIGFIS) e a de uma nova estrutura dentro da Secretaria-Geral de Controle Externo do tribunal, denominada Subsecretaria de Auditoria e Controle da Gestão e da Receita (SSR). Dois exemplos de medidas que procuraram aprimorar mecanismos de fiscalização e controle, além dos elementos vinculados à transparência dos diversos setores da administração pública do governo do estado e dos 91 municípios fluminenses. Outras ações também foram importantes, tais como a criação da Escola de Contas e Gestão, a estruturação do Ministério Público Especial junto ao TCE e a criação da Procuradoria Geral do órgão. O Sistema Integrado de Gestão Fiscal representou uma transformação radical no relacionamento entre prefeituras, câmaras municipais e órgãos de todos os poderes de Estado com o Tribunal de Contas. De forma resumida, pode-se dizer que o sistema utiliza alta tecnologia e informatiza as etapas do controle das contas públicas, começando pelo fluxo de dados entre os órgãos jurisdicionados e o TCE-RJ. O sistema pode subsidiar o planejamento e a programação das inspeções, permitindo, por exemplo, que, a qualquer momento, o Tribunal de Contas possa auditar os atos dos responsáveis pelos órgãos, mesmo antes da apresentação das contas ao fim do período de gestão. Além disso, o sistema impede que os processos em andamento no tribunal sejam "apropriados" por quem quer que seja, técnicos do Controle Externo ou conselheiros. Não só aprimora o trabalho do tribunal, mas também auxilia os jurisdicionados na sistematização da informação e planejamento de dados. Por ocasião do início da implantação do SIGFIS em 2002, Graciosa observou: "Com o objetivo de orientar de forma adequada seus jurisdicionados para o cumprimento da Lei de Responsabilidade Fiscal, o TCE vem implantando o SIGFIS, algo que vai facilitar o trabalho das prefeituras e câmaras municipais no cumprimento das exigências impostas pela mencionada lei".
Já o novo setor encarregado do controle da receita representou outra mudança significativa na fiscalização dos gastos públicos. À costumeira prática da fiscalização ex-post acrescentou-se o controle ex-ante. Dentre as suas funções, destacam-se a coordenação e o controle das atividades de auditoria da receita estadual e dos municípios do Rio de Janeiro, da análise das contas de gestão do governo estadual, da análise dos relatórios da Lei de Responsabilidade Fiscal e do monitoramento dos principais indicadores de gestão municipal e estadual. De acordo com José Gomes Graciosa o objetivo foi "agir com mais rigor na fiscalização e acompanhamento da evolução da receita do governo do estado e dos municípios. Isto é, além dos atos passados, o Tribunal pode acompanhar as ações em andamento. Por exemplo: pode agora fiscalizar não só a despesa, mas também acompanhar quando e quanto o poder público arrecadou ou deveria ter arrecadado com multas, impostos e outros instrumentos previstos em lei".