#darpin

[aaltohelsinki]

A gold medal for QBlock

The last few weeks passed by in a blink of an eye. We had the wiki freeze in which all our final data and contributions of our project are stored now. You can find our wiki page here: https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/index.html. 

But in addition to writing constantly for several days and uploading everything to the wiki page, we were also preparing for our final presentation at the Grand Jamboree. We prepared the presentation and were fortunate enough to present it to not only our PIs and advisors, but also to the previous Aalto-Helsinki teams, which provided us with helpful feedback to improve our presentation. We were e.g. advised to keep the storyline, omit additional information and focus to convince the judges of our project. With all this fantastic help, we were able to assemble a presentation that we could be proud of. However, while working on the presentation we also worked on the design and content of our poster, which would be displayed on a screen in our booth during the Grand Jamboree. The poster was designed to be interactive and you could retrieve information based on the steps you wanted to refer to (picture below). 

We spent nearly a week in Paris and attended the Grand Jamboree, where we got to know many different iGEM teams. The Grand Jamboree was only a week ago, but already seems like a haze. Our team was attending it for three days with a full programme in which we attended workshops, networking events, presentations of other teams, booths of other teams and presented our own projects to people visiting our booth. The atmosphere at the expo was very welcoming and friendly! During both the expo pitching and judging session we were able to show the impact of our project and the work we have performed in the last 9 months to realise our project. Our work convinced the judges and we were awarded with a gold medal for our work, which was the goal that we set in the beginning of our iGEM project! Receiving this award was surreal, since it somehow determined the end of this wonderful and stressful project, but also relieving, because we achieved what we set out. 

In general, the Grand Jamboree was a fantastic event, because we were surrounded by innovation and it was shown again what broad field synthetic biology is by the diversity of projects from 356 different teams around the world. We were able to learn a lot from this competition and also think about both local and global problems differently as we were shown new ways of solving them. It was especially wonderful to see the University of Copenhagen team win the iGEM competition in the overgrad division, which had a lot of support from our PI Markus Linder. 

So, is iGEM over for us now? At least the Grand Jamboree has passed, but iGEM has not fully finished for us. We are going to present at one of the events of this year’s Slush and besides that we will assemble a new team of pioneers in iGEM to continue the Aalto-Helsinki team. Even though the Aalto-Helsinki show must go on, we will stay friends for iGEM brought us together and our Aalto-Helsinki team turned us into friends. 

Thank you for reading our blog this far and accompanying us, the Aalto-Helsinki 2022 team on our iGEM journey. We encourage you to be part of the Aalto-Helsinki 2023 team and can’t wait to have the Aalto-Helsinki team continue the journey!

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Viime viikot ovat kiitäneet ohi silmänräpäyksessä. Tämän vuoden iGEM-projektien wiki-sivut jäädytettiin hetki sitten, joten käykää ihmeessä tutustumassa meidän wikiimme osoitteessa https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/index.html.

Samalla kun ahkeroimme wiki-sivun parissa, valmistauduimme myös esittämään työmme Grand Jamboree-loppukonferenssissa. Ennen Pariisiin lähtöä saimme kuitenkin mahdollisuuden esittää lopullisen esityksemme niin meitä auttaneille PI:lle ja advisoreille kuin myös Aalto-Helsinki -alumneille, mikä auttoi meitä hiomaan vielä viimeiset yksityiskohdat paikalleen. Saamiemme vinkkien perusteella päädyimme keskittymään esityksen tarinallisuuteen sekä siihen, että projektimme vakuuttaa tuomarit haluamallamme tavalla. Lopulta käsissämme oli esitys, josta pystyimme todella olemaan ylpeitä. Esityksemme viimeistelyn lisäksi työn alla oli myös konferenssiständillä esille laitettava, interaktiivinen posteri (kuvassa).

Vietimme lähes viikon Pariisissa Grand Jamboree -konferenssimatkalla, jonka aikana tapasimme lukemattoman määrän muita iGEM-tiimejä. Vaikka Grand Jamboreesta on ehtinyt vierähtää vasta viikko, koko matka tuntuu jo hieman utuiselta. Tiimimme osallistui konferenssiin kaikkina kolmena päivänä, jotka sisälsivät mm. erilaisia työpajoja, verkoistoitumista, muiden tiimien esitysten seuraamista sekä heidän ständeillään vierailua ja yleistä ajatusten vaihtoa. Tunnelma konferenssihallissa oli todella lämminhenkinen ja vastaanottavainen! Sekä ständillä tekemämme pitchauksen sekä tuomarointisession aikana pystyimme näyttämään kaiken sen, mitä olemme valmistelleet nämä viimeiset 9 kuukautta. Kaikesta päätelle projektimme vakuutti tuomarit, sillä saimme lopulta mitaleista kirkkaimman! Olimme asettaneet kultamitalin tavoitteeksemme jo projektin alussa, joten oli huikeaa saavuttaa se, minkä eteen olemme tehneet kovasti töitä.

Kokonaisuudessaan Grand Jamboree oli upea tapahtuma, sillä pääsimme sukeltamaan hetkeksi innovaatioiden maailmaan ja näimme jälleen, kuinka laaja-alaisesti synteettistä biologiaa voi soveltaa. Tämän vuoden iGEM-tiimien osallistujamäärä oli 356, mikä takasi suuren kirjon erilaisia projekteja. Tämä kilpailu oli ainutkertainen kokemus, joka opetti meille kaikille paljon. Lisäksi oli hienoa päästä todistamaan kilpailun sisäisiä menestystarinoita, kuten overgrad-sarjan voittajaa, University of Copenhagen-tiimiä, jonka projektissa PI:mme Markus Linder on toiminut suurena apuna.

Onko iGEM siis osaltamme nyt ohi? Grand Jamboreesta puhuttaessa kyllä, mutta muuten meillä on vielä hieman iGEM-aiheista tekemistä edessä. Tulemme esimerkiksi esiintymään muutaman viikon päästä pidettävässä Slushissa, jonka lisäksi tehtävänämme on rekrytä ensi vuoden Aalto-Helsinki -tiimi. Vaikka Aalto-Helsinki jatkaa ensi vuonna uudella kokoonpanolla, meidän tiimimme tulee jatkamaan matkaa ystävinä myös iGEMin jälkeen.

Koko Aalto-Helsinki 2022 tiimimme haluaa kiittää teitä kaikkia matkaamme seuranneita. Ehkä sinusta voisi tulla osa ensi vuoden tiimiä? Maltamme tuskin odottaa, että pääsemme todistamaan Aalto-Helsinki -tiimin matkan jatkumista!

[aaltohelsinki]

Last words before the Jamboree

Our IGEM project is slowly coming to an end and Wow, what a journey this has been. The year has been long and rich in stages, including many problems and overcoming them. One important part is still ahead: the Grand Jamboree conference in Paris! Next, some thoughts and moods about the past year regarding our project, and about the conference that awaits next week.

As said, our project is coming to an end. We believe that all members of our team agree that it feels good to finally start to feel relief and look back with pride at what the team has achieved this year. The awaited (and feared) Wiki-freeze (i.e. the final limit for our wiki page) is now behind us and you can now take a look on our website at: https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/. Although we think, we did the last edits at the very last minute, we got our page to look exactly as we wanted. There you can find all the scientific information about our project, so you should go and read it yourself!

But as mentioned, very soon we will be able to pack our bags and head towards the airport and Paris, because the Grand Jamboree, we have been waiting for the year, is about to start. However, it won't be a vacation trip, but instead a week including lots of presentations, the judging session, getting to know other projects, the award ceremony and hopefully free time for getting to know the competitors and networking with them. Naturally, the last few weeks have been busy and full of preparations for the judging session and other presentations. Our goal is not only to participate in the conference, but also to succeed there, and right from the beginning of the year we set our goals for a gold medal, i.e. meeting the highest criteria. So the gold medal does not mean the best project of the entire competition (which is also selected), but instead the fulfilment of certain criteria. That being the case, this competition is, above all, a competition against ourselves, aiming to perform as well as possible as a team.

Finally, we would like to thank all the parties who have participated and lived with our project during the year. Naturally, this includes the financial support of Aalto University and the University of Helsinki and the trust that as students we can accomplish something meaningful. Without this support, participating in this competition, let alone travelling to Paris on site, would not have been possible. In the same breath, we thank our private partners, from whom we have received, in addition to financial support, valuable resources for the project. In addition, during the project we received lots of help from our supervisors, advisors, mentors and Aalto-Helsinki alumni and other top experts in various fields, who have been our help and support in difficult moments and have given their own knowledge to solve our problems. A big joint thank you to everyone!

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------

IGEM projektimme alkaa pikkuhiljaa olla lopuillaan ja vau mikä matka tämä onkaan ollut. Vuosi on ollut pitkä ja vaiherikas, sisältäen paljon vaikeuksia ja niiden ylitse pääsyä. Silti yksi tärkeä osuus projektia on vielä edessä, eikä mikä tahansa vaan nimittäin projektin päättävä Grand Jambore-konferenssi Pariisissa! Seuraavaksi hieman ajatuksia ja tunnelmia kuluneesta vuodesta projektimme osalta, sekä ensi viikolla odottavasta konferenssista. 

Kuten sanottu, projektimme alkaa olla loppusuoralla. Uskon, että kaikki tiimimme jäsenet voivat yhtyä ajatukseen, että tuntuu hyvältä kun vihdoinkin voimme alkaa hieman huokaista helpotuksesta ja katsoa taaksepäin ylpeinä siitä, mitä olemme tiiminä tämän vuoden aikana saavuttaneet. Odotettu (ja pelätty) Wiki-freeze (eli takaraja wiki-sivullemme) on nyt takanapäin ja nettisivuamme pääsee nyt ihastelemaan osoitteessa: https://2022.igem.wiki/aalto-helsinki/. Vaikka viimeiset muokkaukset taisimme tehdä aivan deadlinen viime hetkillä, saimme sivumme juuri sen näköisiksi kuin halusimmekin. Sieltä löytyy aivan kaikki tieteellinen informaatio mitä projektiimme tulee, joten kannattaa käydä itse sieltä lukemassa!

Mutta kuten mainittua, aivan pian saamme pakata laukkumme ja suunnata kohti lentokenttää ja Pariisia, sillä koko vuoden odottamamme Grand Jamboree on aivan tuota pikaa alkamassa. Mikään lomamatka siitä ei kuitenkaan tule, vaan edessä on kiireinen viikko, pitäen sisällään muun muassa projektimme esittelyn tuomareille sekä muille tiimeille, muiden projekteihin tutustumista, palkintojen jako sekä toivottavasti vapaata aikaa muihin kilpailijoihin tutustumista ja verkostoitumista varten. Luonnollisesti viime viikot ovat olleet tämän takia hyvin kiireisiä presentaatio- sekä muun materiaalin valmistelun takia. Tavoitteemme ei ole vain osallistua konferenssiin, vaan myös menestyä siellä ja jo heti alkuvuodesta asetimme tavoitteeksi kultamitalin, eli korkeimpien kriteerien täyttämisen. Kultamitali ei siis tarkoita koko kilpailun parasta projektia (joka sekin kyllä valitaan ja julistetaan), vaan nimenomaan tiettyjen kriteerien täyttämistä. Näin ollen tämä iGEM kilpailu onkin meille ennen kaikkea kilpailu itseämme vastaan, tavoitteena suoriutua itse tiiminä niin hyvin kuin mahdollista. 

Lopuksi haluamme vielä kiittää kaikkia tahoja, jotka ovat vuoden aikana olleet ja eläneet projektimme mukana. Luonnollisesti tähän kuuluu Aalto-yliopiston ja Helsingin yliopiston taloudellinen tuki ja luotto siihen, että opiskelijoina voimme saavuttaa jotain merkityksellistä. Ilman tätä tukea tähän kilpailuun osallistuminen, puhumattakaan paikan päälle Pariisiin matkustamisesta ei olisi ollut mahdollista. Samaan hengenvetoon täytyy kiittää myös meidän yksityisiä kumppaneita, joilta olemme saaneet taloudellisen tuen lisäksi muita projektimme kannalta korvaamattomia resursseja. Lisäksi projektin aikana apunamme olleet valvojamme, neuvonantajat, mentorit sekä Aalto-Helsinki alumnit ja muut eri alojen huippuasiantuntijat, jotka ovat olleet meidän apunamme ja tukenamme vaikeina hetkinä ja antaneet omaa tietämystään ongelmiemme ratkaisuun. Iso yhteinen kiitos kaikille!

[aaltohelsinki]

The final steps to the Jamboree

Hello once again, it is already October! This past Month we have been working hard on wrapping up our iGEM project in both wet and dry lab fronts. In the wet-lab, we were finally able to test our bioreporter, but have currently mixed feelings about the results that we are in the process of analysing. We were also able to run one full round of ribosome display. Our initial idea, prior to the completion of the ribosome display protocol, was to couple the method with NGS analysis so that it would allow for the identification of specific DARPin molecules and discover patterns in the DARPins that were able to bind to our AIP peptide (target). Ideally, such an idea would be of interest for future research applications.

After finishing our first round of ribosome display we sent our samples for sequencing at the Institute of Biotechnology. We finally got data from the sequencing unit for analysis! In brief, next-generation sequencing (or NGS) is a sequencing technology able to offer massive parallel sequencing to determine entire genomes or targeted regions of both DNA and RNA! For our project, we sent our tested wet-lab DARPin molecules for sequencing with the aim to determine successful DARPins and possible DNA patterns therein.

From our initial data analysis results, we were able to confirm the underlying quality of the reads as well as base pairs and possible contamination events. In addition, we were able to acknowledge the presence of both N- and C -caps as well as some of the internal repeats (IR) of our DARPins! Exciting work that we predict to complete within the next days. A sneak peek of our preliminary results can be seen from Figure 1.

Figure 1: Identification of the N-CAP RNA sequence from the NGS data.

Our project is indeed ending, which makes us sad and excited at the same time since we will be able to demonstrate and present our iGEM project in the Grand Jamboree in Paris later this Month. Thank you to all the readers who have been accompanying us throughout this journey, please stay tuned for more!

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Projektimme on loppusuoralla, mikä on toki surullista mutta samalla jännittävää. Pääsemme esittelemään iGEM-projektimme tuomaristolle 2022 Grand Jamboree-konferenssitapahtumassa, joka järjestetään lokakuun lopussa Pariisissa. Haluamme kiittää kaikkia teitä, jotka olette seuranneet matkaamme läpi tämän vuoden. Pysykää kuulolla, sillä lisää on vielä tiedossa!

Tervehdys jälleen! Ajatella, että nyt on jo lokakuu. Viimeisen kuukauden aikana olemme tehneet pitkää päivää saadaksemme iGEM-projektimme päätökseen niin laboratorion kuin dry labin puolella. Olemme muun muassa saaneet testattua bioreportterimme, mutta saamamme tulokset ovat aiheuttaneet hieman ristiriitaisia tunteita. Näiden bioreportteri-tulosten lisäksi olemme saaneet myös suoritettua yhden kokonaisen ribosome display -ajon. Alkuperäinen ideamme oli yhdistää tähän myös NGS-analyysi, jotta voisimme tunnistaa DARPin-molekyylit spesifisti ja löytää toistuvia elementtejä DARPineista jotka sitoutuivat AIP-kohdemolekyyliimme. Ihannetilanteessa tätä ideaa voisi kehittää ja soveltaa tulevaisuuden tutkimuksissa.

Ensimmäisen ribosome display -ajon jälkeen lähetimme näytteet sekvensoitavaksi Biotekniikan instituutille, josta saimmekin vihdoin dataa analysoitavaksi! Lyhyesti summattuna, NGS eli next-generation sequencing on sekvensointiteknologia, joka tarjoaa mahdollisuuden laajaan rinnakkaissekvensointiin. Tämän rinnakkaissekvensoinnin avulla pystytään määrittämään kokonaisia genomeja tai kohdealueita niin DNA:sta kuin RNA:sta. Projektiamme varten lähetimme laboratoriossa testaamamme DARPin-molekyylit sekvensoitavaksi, tavoitteenamme määrittää toimivat DARPinit sekä niiden mahdolliset DNA-elementit.

Alkuperäisistä data-analyysituloksistamme saimme tietoa mm. emäspareista ja niiden sekvensseistä (reads) sekä mahdollisesti tapahtuneista kontaminaatioista. Lisäksi pystyimme vahvistamaan sekä N- ja C-capien olemassaolon sekä osan DARPiniemme sisäisistä toistojaksoista! Tiedossa on siis innostavaa puuhailua datan parissa, jonka analyysituloksien odotamme valmistuvan seuraavien päivien kuluessa. Kuvasta 1 löydät pienen kurkistuksen alustaviin tuloksiimme.