¿Cómo usar datasets para evaluar artículos científicos? (1)
Uno de los principales modos de evaluación de la investigación científica tiene que ver con cómo los papers de una disciplina tienen relevancia en la comunidad a la que pertenecen e incluso que tan interdisciplinarios pueden llegar a ser por la trascendencia de los mismos. En este sentido, son las citaciones a los papers los que marcan qué documentos son más importantes que otros. Para este fin existen bases de datos como la Web of Knowledge o Scopus. Sin embargo, las restricciones de acceso nos impiden muchas veces no tener un alcance de qué artículos son más importantes en determinadas disciplinas. Quizás la Ciencia de los Datos y el material de referencia por excelencia a nivel mundial puedan ayudarnos al respecto.
Wikipedia se ha convertido en una de las fuentes más relevantes que existen en Internet y el material de referencia más empleado a nivel mundial. Más allá de los cuestionamientos a su empleo en la investigación, lo cierto es que este recurso está siempre buscando la mejora constante no solo en la revisión de sus entradas sino que también impulsa iniciativas como 1Lib1Ref para garantizar la veracidad de su contenido. Del mismo modo, ha incluido plantillas para referencias obtenidas de PubMed para que las citaciones incluidas en una entrada puedan ser recuperadas fácilmente.
En relación a estos avances la Fundación Wikimedia ha creado la iniciativa Wikicite para desarrollar una base de datos abierta de citas y datos bibliográficos vinculados que servirán al libre conocimiento.
Bajo este marco, un conjunto de programadores han desarrollado aplicaciones para la gestión de citas en Wikipedia y otros proyectos están relacionados a la forma en que la comunidad Wikimedia y el mundo acceden a la información. Estas aplicaciones incluyen la catalogación de todas las fuentes de conocimiento posibles que una persona podría usar para desarrollar proyectos de Wikimedia o cualquier proyecto externo de la wiki, el análisis de fuentes de datos con tecnología para obtener nueva información y crear una red que vincule la información de Wikimedia a las mejores fuentes de conocimiento disponibles.
Teniendo en cuenta este aspecto se hace necesario conocer que herramientas ofrece Wikicite y de qué forma podemos explotar los datasets generados en Wikipedia para evaluar artículos científicos empleados en la descripción de entradas.
Aspectos a tener en cuenta antes de empezar
La estructura de una entrada en Wikipedia ofrece la siguiente estructura:
En este caso hemos empleado la entrada correspondiente al laureado escritor Mario Vargas Llosa pero donde se hará énfasis y detalle es en lo relacionado a los denominados Infoboxes que dan una síntesis sobre la definición, institución, lugar o personaje buscado. Es precisamente la data de los infoboxes lo que permite la explotación de datos para diversos fines.
Al respecto, Wikidata es la fuente que permite la minería de datos y poder extraer datasets para aplicaciones diversas. Si realizo una búsqueda en este recurso la entrada de Mario Vargas Llosa encontraré los siguientes resultados:
En primer lugar destacan la descripción del personaje, las entradas por idiomas, los posibles seudónimos y formas con la que es conocido dentro de Wikipedia. Del mismo modo, aparecen las entradas en todas las variantes lingüísticas de la enciclopedia. Sin embargo, lo que más destaca para iniciar con la explotación de datos es lo siguiente:
El código que aparece al costado del escritor es el que nos permitirá emplear las diversas variables que ofrece Wikidata para extraer datos. Otro aspecto que se debe resaltar son los denominadas Statements. Para el caso analizado tenemos:
Donde se brindan diversas características sobre el escritor que servirán no solo para generar datos enlazados. No obstante, de estos statements es de donde podremos explotar los datos para un análisis bibliométrico y del impacto que tiene en un determinado campo.
La siguiente entrega les permitirá conocer como usar Wikicite y algunas herramientas que se han derivado a partir de este análisis como Scolia.
Linked-Data para conocer del avance científico en la lucha contra el COVID-19
La aparición del COVID-19 está sacudiendo al mundo, afectando y desafiando a todos. Cuanto más se sepa y cuanto antes se conozca más de la enfermedad, mayores serán las posibilidades de minimizar los daños. Para este fin es necesario unificar esfuerzos científicos y precisamente en esta labor la iniciativa de datos enlazados (Linked-Data, LD en adelante) está jugando un rol fundamental.
De acuerdo al Consorcio de la Web (W3C), los datos enlazados (LD) se refieren a un conjunto de mejores prácticas para publicar datos estructurados en la Web. Estos principios han sido acuñados por Tim Berners-Lee:
Usar URIs como nombres para cosas
Utilizar HTTP URI para que las personas puedan buscar esos nombres.
Cuando alguien busque un URI proporcionar información útil.
Incluya enlaces a otros URI para que se puedan descubrir más cosas.
La idea detrás de estos principios es, por un lado, utilizar estándares para la representación y el acceso a los datos en la Web y de otro lado, los principios se propagan para establecer hipervínculos entre datos de diferentes fuentes. Estos hipervínculos conectan todos los datos vinculados en un solo gráfico de datos globales, similar a como los hipervínculos en la Web clásica conectan todos los documentos HTML en un solo espacio de información global.
En este sentido se hace necesario el empleo de gráficos de conocimiento como una elección natural para representar datos enlazados. Una forma de representar la propagación de contenidos como sucede con la propagación del virus se muestra en el siguiente gráfico tal como sucede en el caso de Singapur:
En base a los diferentes conjuntos de datos relacionados con el COVID-19 producido por editores independientes en varios formatos se pueden vincular y dar una semántica explícita para incrementar su valor y su reutilización.
El beneficio de tener datos sobre el COVID-19 como datos vinculados proviene de la capacidad de vincular y explorar fuentes independientes. Por ejemplo, las fuentes de COVID-19 a menudo no incluyen otros datos regionales o de movilidad. Entonces, tener a los países no como una etiqueta sino como URIs de Wikidata y DBpedia ofrecen amplias posibilidades de análisis al explorar y correlacionar datos geográficos, demográficos, de relieve y de movilidad.
Por ejemplo, esta consulta contiene datos URI de DBpedia y COVID19 de Worldmeters (esto es solo un ejemplo, los datos no están actualizados). Luego, este conjunto de datos se puede vincular con datos de DBpedia, incluido el URI de Wikidata correspondiente (owl: sameAs), de modo que se puedan vincular datos adicionales desde Wikidata. Aquí hay un ejemplo de una consulta de Wikidata que incluye la población, la relación entre población total y de la ciudad, la esperanza de vida y los países limítrofes. Se pueden encontrar también colecciones de consultas desde Wikidata para facilitar la forma como los datos enlazados nos pueden ayudar a una mejor comprensión de la pandemia.
Otra variante interesante del uso de datos enlazados es la presentada por Kaggle que ha publicado un conjunto de datos de publicaciones de COVID-19 que la Universidad de Ghent ha convertido en un gráfico RDF de conocimiento. El gráfico está disponible aquí. También se puede consultar utilizando fragmentos de datos enlazados. El siguiente gráfico demuestra la complejidad para entender el COVID-19
Sobre este aspecto, el mayor conjunto de datos enlazados es el de UniProt. Su endpoint SPARQL proporciona acceso a más de 55 mil millones de triples (conocimiento sobre la secuencia de proteínas). Ya existe una versión preliminar de un conjunto de datos sobre COVID-19 al que se puede acceder aquí. Poco después de que se anunció, se diseminó ampliamente y estuvo disponible a través de SPARQL, antes de que esté disponible en el endpoint de UniProt.
Los datos enlazados sobre el COVID-19 ahora están disponibles en este endpoint SPARQL y se espera que se actualicen semanalmente.
De otro lado, AmeliCA acaba de publicar su gráfico de conocimiento sobre epidemias, accesible también a través de SPARQL. Su ontología se ve así:
Para concluir les recomiendo visitar la página Datos de acceso abierto y recursos computacionales para abordar el COVID-19 desarrollada por los Institutos Nacionales de Salud de EE.UU.
Los libros en acceso abierto no solo consiguen solo más lecturas sino también más citaciones
Un estudio realizado por Spring Nature y COARD (Collaborative Open Access Research & Development) muestra como uno de sus principales hallazgos que los libros publicados en acceso abierto no solo garantizan mayor lectoría sino que concentran alto número de citaciones frente a libros que no están bajo esa modalidad.
La lectoría de este tipo de libros se da principalmente en países de ingresos bajos y medianos. Este estudio es uno de los más amplios que se han realizado y comprende 3934 libros publicados por Springer Nature, incluidos 281 libros de acceso abierto.
El análisis muestra más descargas y más citas para cada tipo de libro, en cada disciplina, en cada uno de los tres años de publicación (2015, 2016, 2017) incluidos en la muestra. Del mismo modo, el informe encuentra que los libros de acceso abierto en promedio logran diez veces más descargas y 2.4 veces más citas que los libros que no son de acceso abierto.
Con respecto a la distribución geográfica de descargas se puede observar:
Que en Sudamérica, China, Australia y EE.UU. hay un alto número de descargas de libros OA. Otro detalle interesante del estudio se da en la dispersión mostrada entre las descargas de capítulos o libros OA frente a los que no lo son:
Pueden descargar este reporte desde:
https://figshare.com/articles/journal_contribution/Diversifying_readership_through_open_access_A_usage_analysis_for_OA_books/12746177
El acceso abierto no garantiza la perpetuidad ni la preservación
Desde la firma de las Declaraciones de Berlin y de Bethesda, el movimiento de Acceso Abierto (OA) inició la ruta dorada para promover la publicación de papers, pre-prints y post-prints que garanticen a las personas el acceso a información válida y relevante. Sin embargo, luego de casi 20 años de la firma de ambos documentos más de 80 revistas OA en ciencias han desaparecido y a otras casi 100 en Ciencias Sociales y Humanidades les ha sucedido lo mismo.
Sin embargo, el problema no queda ahí. Alrededor de 900 revistas están en peligro de extinción debido a su inactividad. Si recordamos que la aparición del OA conllevó a que el número de revistas en acceso abierto se triplique en casi dos décadas, en la actualidad se está produciendo un efecto contrario.
Este problema ha sido reportado en un estudio de Laakso, Matthias y Jahn quienes han determinado los siguientes aspectos relevantes:
Revistas de impacto y artículos con altas tasas de citación no se han perdido.
Aproximadamente la mitad de las revistas fueron publicadas por instituciones de investigación o sociedades académicas. De estas organizaciones, ninguna juega un papel importante en las ciencias naturales.
El análisis demuestra que la integridad de la investigación y la preservación del registro académico están en riesgo en todas las disciplinas académicas y regiones geográficas.
Este último aspecto es alarmante. Quizás muchos tengan como primera conjetura que es consecuencia natural del ciclo de vida de las revistas científicas o por la exigencia cada vez mayor de los sistemas de indexación para incluir publicaciones con estándares de calidad.
El mapa de como se han ido extinguiendo estas revistas podría responder a esta interrogante:
Health= Ciencias de la Salud
LS=Life Sciences
PSM= Ciencias físicas y matemáticas
SSH= Ciencias Sociales y Humanidades
Un primer detalle que podemos observar es que en Norteamérica y Europa, que concentran los países con mayor industrialización e inversión en ciencia y tecnología, el fenómeno es mayor y que en todas las regiones las revistas más perjudicadas son las que corresponden a las Ciencias Sociales y Humanidades.
Otro punto que cabe destacar es la ventaja relativa que tienen las revistas de suscripción respecto a las revistas OA en el sentido de la preservación. Laakso, uno de los autores del estudio, destaca que “ Históricamente, el contenido basado en suscripción ha sido mejor cubierto por las bibliotecas, ya sea con copias impresas en los estantes o electrónicamente”.
Y considero que aquí viene el punto clave que no se ha visto acerca de la viabilidad de las revistas OA: hay poco consenso sobre quién es el responsable final de la preservación digital de este tipo de publicaciones: editores, autores, bibliotecas o universidades.
La preservación de las revistas OA puede representar un desafío financiero grande para aquellos editores que no cobran a los autores por publicar artículos. Por otro lado, los presupuestos de las bibliotecas se han enfrentado a recortes o un crecimiento mínimo. Los artículos que aparecieron en revistas desaparecidas también podrían conservarse en repositorios universitarios o académicos, una forma de preservación llamada acceso abierto “verde” pero no todas las instituciones o patrocinadores exigen que los manuscritos se depositen en dichos repositorios. Este es otro problema que se considera un factor adicional a la desaparición de contenidos.
Otro aspecto que merece análisis es el hecho del por qué este fenómeno se produce mayormente en el campo de las Ciencias Sociales y Humanidades. Al respecto, el estudio de (Dalton y otros, 2020) demuestra que los investigadores estadounidenses en ese campo son escépticos respecto a los beneficios del OA. Del mismo modo, a este factor se añade que rara vez se ofrecen incentivos para que los investigadores puedan publicar bajo la modalidad del OA (Ver estudios de Alperin y otros, 2019; Niles y otros, 2020). Estos puntos provocarían que exista poco interés en preservar los artículos.
No obstante, es importante considerar que más allá de que el modelo OA es el presente y el futuro de la publicación científica, se hace necesaria una discusión sobre la preservación digital de artículos científicos para evitar que el conocimiento humano se desvanezca.
Buenas noticias desde el frente del movimiento de acceso abierto
La semana pasada sucedieron tres hechos bastante significativos para el movimiento de acceso abierto (OA): el estreno de Paywall: the movie, el documental que ha conmocionado el mundo académico; la formalización del Plan S con el que la Unión Europea pretende llevar sus investigaciones financiadas a OA; y, el estreno de Google Data Search, un símil de Google Scholar para datasets.
Paywall : the movie, sintetiza lo que muchos sabemos respecto a la concentración oligopólica que existe en la comunicación científica donde un grupo de editoriales concentra casi el 80% de la producción académica mundial. Muchas veces se ha advertido de esto pero una cosa es exponerlo en eventos académicos y otra muy diferente que científicos y representantes de editoriales científicas cuenten su visión en un documental de como este hecho afecta a la propia investigación no solo mediante restricciones comerciales a papers sino también a los sistemas de evaluación científica. Del mismo modo, se expresa una profunda preocupación por como la industria pretende adoptar la OA para sus propios beneficios, como lo que sucede con la Tasa de Procesamiento de Artículos (APC). El documental lleva un mensaje poderoso y su visionado debe ser de estricta obligatriedad en universidades e institutos de investigación ante el planteamiento en Perú de un sistema para evaluar investigadores donde se da prioridad a investigadores de ciertos campos en desmedro de otros. En el documental se incluye una entrevista a Alexandra Elbakyan, la fundadora de Sci-Hub, que a través de su servicio rompe la barrera del Copyright impuesto por muchas editoriales científicas. Precisamente cuestiona la “inmoralidad” y el “delito” por los que es perseguida y por los que su presencia es reclamada para pagar millonarias indemnizaciones a la industria editorial. El documental pruede ser visto en este post pero aún tiene la barrera idiomática del inglés aunque un grupo de bibliotecarios estamos armando una iniciativa para ponerle subtítulos.
El Plan S
Este plan es impulsado por la Unión Europea y pretende ser de estricto cumplimiento para el 2020. Puede ser revisado en este enlace:
https://www.scienceeurope.org/coalition-s/
Su objetivo es cubrir todas las investigaciones europeas, en las ciencias, ciencias sociales y en las humanidades, a nivel de la UE y a nivel de estado miembro. El plan en sí mismo es un mandato no solo una exhortación o aliento. Mantiene los derechos de autor en manos de los autores. Requiere licencias abiertas y prefiere las Creative Commons CC-BY. También, suprime o elimina paulatinamente embargos. Y aquí uno de sus aspectos más poderosos: no admitirá publicaciones híbridas excepto si esto sirve como catapulta para revistas que llegarán a ser OA. La UE está dispuesto a pagar APC pero quiere limitarlos haciendo que los financiadores y las universidades les paguen más no los autores. La UE se propone supervisar el cumplimiento del plan y sancionará el incumplimiento. Ya cuenta con el respaldo de una docena de poderosas agencias de financiamiento nacional y pide que otros donantes y otras partes interesadas se unan a la coalición.
Pueden encontrar mayor información sobre este documento en:
Google Dataset Search
El campo de la gestión y la ciencia de datos ya no es una cuestión de mediano o largo plazo. Es un campo que actualmente tiene mucha presencia. En este sentido, Google anunció el lanzamiento de Google Dataset Search, un buscador de datasets producidos por diferentes organizaciones gubernamentales y no gubernamentales. Clarivate Analytics ya ofrecía un servicio parecido a través del Data Citation Index pero su alcance era limitado y su acceso demanda un costo. El recurso aún está en beta pero permite acceder a datasets de calidad que nos pueden servir de insumos para diversos productos académicos. Si no encuentras el dataset que produce tu organización, la sugerencia es seguir las recomendaciones que Google hace para su inclusión.
Definitivamente hay bastante que conversar en la próxima semana del acceso abierto.
Lanzan I4OC : la plataforma que permitirá acceder a citaciones de publicaciones libremente
Luego de varios anuncios sobre su desarrollo se acaba de lanzar I4OC (Initiative for Open Citations) que es una plataforma para que académicos, editoriales e interesados puedan acceder libremente a data generada de citaciones a trabajos científicos.
La iniciativa promovida por DataCite y el Centre for Culture and Technology busca resolver un gran problema para quienes están interesados en conocer el impacto académico de sus publicaciones. Como ya es sabido estos servicios pertenecen a empresas que por el acceso a esa data cobran cantidades que muchas veces escapan al alcance de evaluadores de la investigación y de los propios autores.
Si un investigador quiere participar en I4OC en primer lugar debe inscribirse en Crossref o en su recurso Cited-by. Luego, sus trabajos podrán ser recuperados desde Open Citations, la plataforma habilitada para el conteo de citaciones. Esta página cuenta, a la fecha, con 128690 recursos bibliográficos y contiene información sobre 5 millones 513 mil 471 citaciones de 3 millones 560 mil 709 recursos citados. Los datos de las citas están disponibles en formato RDF e incluyen información sobre citas generadas y recibidas de recursos bibliográficos.
La data no solo es histórica sino también comprenderá la literatura que se va generando en los trabajos incluidos en Cited-by. La licencia para la data es CCO 1.0 que la hace de dominio público total.
El aspecto más importante para acceder a la data se podrá hacer mediante Crossref REST API a través de queries que podrán ser realizadas en la dirección: https://api.crossref.org/works/10.1038/227680a0
Sin duda alguna un gran avance para transparentar data sobre la literatura científica.
¿Cómo afectan las nuevas políticas de la administración Trump a la evaluación de la investigación científica?
La American Chemical Society (ACS), una de las instituciones científicas más importantes del mundo, acaba de emitir un comunicado en el que condena la posición asumida por el gobierno estadounidense respecto al cambio climático y el "silencio" que se ha impuesto a agencias federales sobre medio ambiente a tratar sobre este tema.
Cómo es sabido el presidente de EE.UU., Donald Trump considera que el cambio climático es un "invento" de China, su rival comercial y económico, para frenar su expansión industrial y su competitividad. El día de ayer, 28 de marzo, Trump firmó un decreto en el que desecha las políticas del anterior mandatario Barack Obama. La orden ejecutiva elimina cualquier intención de resaltar los efectos del calentamiento global anulando las restricciones a las emisiones de gases de efecto invernadero. Del mismo modo, establece que ninguna agencia estatal deberá justificar el impacto ambiental y además está obligado a reducir la rebaja del riesgo del cambio climático a cualquier proyecto.
Más allá de las implicancias ambientales ¿Cómo afectan estas decisiones a los científicos? ¿Se ven afectadas algunas cuestiones referidas al impacto de la producción científica? La respuesta a estas interrogantes la da la propia ACS que señala que EE.UU. comete un gran error al negar el cambio climático y destaca que un factor clave en su crecimiento tiene que ver con la actividad humana. Del mismo modo, solicita que se debe priorizar la investigación científica sobre el cambio climático y preparar a la población para su actual y futuro impacto. Cómo es sabido, la administración Trump ha vetado el financiamiento a investigaciones que apoyan la evidencia del calentamiento global y si bien en un principio quiso eliminar la página sobre el cambio climático de la United States Environmental Protection Agency (EPA) debido a la presión de la comunidad científica no logró su cometido aunque no se ha actualizado información en este recurso desde el 18 de enero de este año. Sin embargo, la información que aparecía en la Casa Blanca sobre este tema (http://www.whitehouse.gov/energy/climate-change) si ha sido retirada.
De otro lado, un grupo de científicos ha denunciado que debido a las nuevas políticas ambientales estadounidenses sus trabajos han sido silenciados provocando que pierdan visibilidad y citaciones. Victoria Herrmann, investigadora del Ártico y una de las impulsoras del US National Strategy for the Artic, ha denunciado en The Guardian que tanto el plan de implementación como la estrategia que promovía han desaparecido de Internet. Destaca que desde enero pasado han comenzado a desaparecer datasets, páginas web y políticas sobre el ártico. No obstante, sostiene que el daño más grave es la desaparición de las citas a esos documentos condenando al sistema gubernamental a tomar malas decisiones al limitar el acceso a evidencia científica.
Cómo se observan en estos hechos, decisiones políticas están minando la investigación y su correspondiente evaluación. Lamentablemente, solo queda esperar cuáles son los efectos de estas políticas en el corto plazo.
Autores podrán enviar un pre-print a bioRxiv mientras su trabajo es revisado por la revista eLife
El gran crecimiento de pre-prints en diversos campos de investigación está provocando una alta dinamización en la publicación científica.
El siguiente gráfico muestra el incremento del pre-printing en diversos repositorios:
Fuente: Biology preprints over time
http://asapbio.org/preprint-info/biology-preprints-over-time
Teniendo en cuenta esta situación, la revista eLife ha firmado una alianza con bioRxiv para que los autores puedan depositar los trabajos enviados a este journal y poder publicar de modo automático sus trabajos en el repositorio. BioRxiv es considerado el arXiv de la biología y a la fecha publica alrededor de 1000 pre-prints al mes. ELife es una revista científica de acceso abierto y tiene como peculariedad no dar a conocer su factor de impacto como forma de desmitificar este indicador y a su vez promover indicadores cualitativos y cuantitativos para la evaluación de la productividad científica.
El acuerdo ahorra tiempo y esfuerzo a los autores ya que no necesitan volver a ingresar datos de envío, cargar archivos dos veces e incluso iniciar sesión en bioRxiv para publicar su preprint. El PDF (así como los metadatos, incluyendo el título y los nombres de los autores) será enviados a bioRxiv tan pronto como el autor apruebe su presentación.
Los pre-prints depositados en bioRxiv son rotulados bajo la categoría de New Results, utilizando una licencia CC-BY, que facilita la reutilización, así como la minería de texto y datos. El uso de la opción de pre-prints ayuda a establecer la prioridad del trabajo, permite la citación antes de la publicación, ayuda en solicitudes de empleo y subvenciones, y permite la retroalimentación en la comunidad, además de facilitar el proceso de revisión por pares.
Esta alianza abre un nuevo horizonte en la publicación científica promoviendo la apertura en la publicación y convirtiendo a los papers en trabajos con mayor visibilidad dentro de la comunidad.
Exploren esta posibilidad y animen a publicar a colegas e investigadores en eLife.
Unpaywall : la extensión para acceder a versiones libres de artículos científicos
ImpactStory, el servicio open source que provee herramientas derivadas de los Altmetrics para ayudar a investigadores a medir los impactos de sus resultados de investigación, ha lanzado una extensión para los navegadores Chrome y Firefox que permite acceder a versiones libres de artículos científicos.
La extensión es sencilla de instalar. Solo basta ingresar a:
http://unpaywall.org/
y hacer click sobre el botón Add Unpaywall.
La extensión será instalada dentro del navegador. Una vez hecha la instalación se ofrecen dos pestañas: Grey Tab, que señala que el artículo no tiene una versión libre y Green Tab que destaca que si existen versiones libres del documento.
Para experimentar con esta extensión hice la prueba con este artículo Validity of altmetrics data for measuring societal impact : A study using data from Altmetric and F1000Prime de Lutz Bornmann y este fue el resultado:
Cómo se observa en la imagen en el lado derecho de la pantalla aparece la pestaña verde es decir que si existen versiones libres del documento y basta hacer click en el botón para acceder a esta:
En este caso nos lleva a una versión pre-print de Arxiv.
La extensión es altamente recomendada porque además de ser sencilla de instalar y de emplear nos permite acceder a papers con restricciones comerciales.
Rompiendo las restricciones comerciales a artículos científicos mediante oaDOI
oadoi.org/10.1002/asi.21368
Como ya es sabido uno de los principales problemas que enfrentan los investigadores es el acceso a publicaciones relevantes principalmente provenientes de editoriales académicas que cobran suscripciones para poder descargar el texto completo de un trabajo. En el caso peruano, esta situación se agrava ante el anuncio del Consejo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación de no poder haber logrado la renovación de la suscripción a Scopus y a Science Direct. Si bien es cierto se pueden conseguir versiones en acceso abierto en Internet a veces se requiere de invertir tiempo y esfuerzo para encontrar un documento. Es muy probable que la aparición de oaDOI facilite esta labor.
oaDOI es un recurso que permite localizar documentos en acceso abierto de artículos que requieren previo pago para poder ser leídos. Para ello utiliza los siguientes recursos:
DOAJ (Directory of Open Access Journals).
El campo CrossRef’s license metadata con la finalidad de revisar si el editor reporta acceso abierto.
DOI (Digital Object Identifier) para identificar los trabajos.
DataCite para revisar si un dataset es abierto.
El motor de búsqueda BASE uno de los recursos en acceso abierto más grandes en Internet
Repositorios académicos
y los artículos de revistas para examinar si existe una versión libre en PDF.
¿Cómo funciona el recurso?
El interesado en ubicar una versión en acceso abierto debe tener el DOI del artículo que desee localizar. Por ejemplo, tenemos el acceso a datos básicos del siguiente trabajo:
Tal como se observa debajo de la fecha de publicación aparece el identificador DOI. Con este dato ingresamos a oaDOI:
https://oadoi.org/
Y colocamos el identificador para hacer la búsqueda. Debe tenerse en cuenta que el recurso no admite tipeo sino el copiado y pegado del DOI. El resultado que tenemos es el siguiente:
Como el mensaje indica se ha obtenido una versión libre del documento en un repositorio. Para acceder al texto completo se debe hacer click en el enlace generado por oadoi:
oadoi.org/10.1002/asi.21368
Haciendo click en el enlace nos saldrá la opción para la descarga:
Se debe tener en cuenta que muchas veces los propios autores publican pre-prints y post-prints de sus propios trabajos con la finalidad de poder manejar el tema del copyright impuesto por las editoriales.
Espero que el recurso les sea de utilidad y les permita vencer las barreras que muchas veces atentan contra la propia academia.
OMICS investigada por Comisión Federal de Comercio de EE.UU. adquiere 2 prestigiosas editoriales canadienses
La compañía india OMICS acaba de adquirir las editoriales médicas canadienses Andrew John Publishing y Pulsus Group. Ambas compañías publican las más prestigiosas revistas médicas de Canadá. Esta noticia pasaría como una simple anécdota comercial si es que el comprador no estuviera etiquetada como una editorial depredadora (Predatory Publisher).
El movimiento de Acceso Abierto (0A) iniciado a principios de la década pasada empezó el camino denominado dorado donde el investigador o lector sería el gran beneficiado porque ya no tendría restricciones en el acceso a artículos científicos. Sin embargo, una serie de compañías han encontrado una forma de poder usar esta ruta para fines contrarios al movimiento y usan la etiqueta del OA para poder atraer y adquirir revistas científicas. Este es el caso de las denominadas editoriales depredadoras (Predatory Publishers). Estas compañías inician su negocio mostrando un catálogo de journals con títulos bastante atractivos en acceso abierto pero estas publicaciones no son leídas ni referidas, a excepción de los propios autores que tienen que pagar cientos de dólares para poder "autosostener" la publicación. El interés de estas empresas no radica en el prestigio académico sino en la obtención de mayores utilidades mediante el engaño.
Al respecto, Jeffrey Beall tiene una lista de editoriales que caen en esta categoría y que deben servir de alerta para los investigadores y para los profesionales de información.
¿Cuál es el riesgo de que OMICS adquiera editoriales académicas?
En agosto de este año, la U.S. Federal Trade Commission inició una demanda judicial contra OMICS argumentando que esta compañía emplea el modelo de acceso abierto para engañar engañar a los académicos e investigadores acerca de la naturaleza de sus publicaciones y afirmando falsamente que sus revistas siguen los protocolos rigurosos de revisión por pares.
Asimismo, la demanda sostiene que desde 2009:
OMICS ha publicado cientos de "supuestas publicaciones académicas" con poca o ninguna revisión por pares o evaluación de expertos de la investigación.
OMICS dice tener académicos prominentes en sus consejos editoriales pero en realidad, muchos de los "editores" nunca han aceptado estar vinculados con las revistas publicadas por el grupo.
OMICS invita a investigadores de todo el mundo a presentar trabajos para su publicación, pero no les dice que tienen que pagar las cuotas "significativas" hasta después de que el artículo haya sido aceptado.
La alerta se ha expandido debido a que OMICS ha adquirido los derechos de publicaciones como Plastic Surgery, Canadian Journal of Pathology, Canadian Journal of Optometry o Canadian Journal of General Internal Medicine.
No obstante, el riesgo principal es que la proliferación sin control de investigaciones falsas representan un peligro para los pacientes y porque esta ciencia falsa termina por influir en las decisiones de atención de la salud.
Este incidente debe motivar a que los profesionales de información reflexionen sobre los peligros de las editoriales depredadoras y en que cada vez es más necesario estar enterados de que no siempre las editoriales "académicas" son lo que aparentan.
Peerage of Science revisará artículos de revistas de Taylor&Francis
La editorial académica Taylor & Francis ha dado un paso importante para enfrentar la crisis de la revisión por pares anunciando que someterá al menos 30 revistas científicas al proceso de peer-review mediante el servicio Peerage of Science.
Cómo ya he mencionado en anteriores posts, la revisión por pares está pasando por una seria crisis donde destacan la falta de transparencia en las revisiones y la abrumadora cantidad de trabajos enviados a revistas con impacto académico que provoca que no existan los pares suficientes para la revisión retardando el proceso de publicación.
Peerage of Science es un servicio que ofrece revisión por pares a los autores de tal forma que pasadas las 4 etapas que se exigen
Envío de trabajo y revisión: generalmente 14 días.
Peer-review del Peer-Review: los colaboradores del servicio evalúan los comentarios enviados por otros, período estimado: 7 días.
Envío de revisión de manuscrito: los autores reciben las revisiones y comentarios de los revisores, estimado: 21 días.
Evaluación final: los revisores envían comentarios a los editores para indicar que el manuscrito puede o no ser publicado. Período estimado: 7 días.
Terminado el proceso, el investigador puede publicar en cualquiera de las revistas suscritas al servicio. La idea es descongestionar el proceso que los pares de una revista enfrentan cuando reciben una cantidad grande de trabajos. De otro lado, el servicio también permite llamar a revisores de otras revistas no suscritas con la finalidad de que puedan hacer la revisión correspondiente. El proceso para la revisión de trabajos es gratuito para autores y revisores. En caso una revista decida contar con este servicio tendrá que pagar un costo.
Taylor & Francis ha incluido dentro del grupo de revistas a títulos como Journal of Natural History, International Journal of Acarology y Climate and Development, y tiene como horizonte que toda su colección esté sometida al proceso propuesto por el servicio.
Almetric.com lanza guía para conocer más del mundo de los Altmetrics
La métrica Altmetrics (Article Level Metrics) se ha popularizado en los últimos tiempos como una alternativa a la impactitis (motivada por la predominancia del factor de impacto en la evaluación de la investigación). Esta métrica busca no solo evaluar personas, revistas, libros, datasets o cualquier material académico no solo en el tema de las citaciones sino también conocer otros aspectos sobre el trabajo como saber en cuántas bases de datos ha sido referenciada, cuántas visualizaciones ha tenido, cuántas descargas ha provocado o cuántas veces ha sido mencionado en medios sociales (como Twitter o Facebook) o en los medios de prensa.
Para conocer más de este mundo la empresa Altmetric.com acaba de lanzar una guía (construida bajo LibGuides) para iniciarse en el mundo de los Altmetrics que ofrece lo siguiente:
Una lista actualizada de ejemplos de cómo los investigadores, bibliotecarios, editores y organismos de financiamiento están utilizando altmetrics;
Recomendaciones de expertos para el uso responsable de altmetrics en solicitudes de subvención, expedientes y en Curriculum Vitae
Una lista curada de más de 40 folletos, presentaciones, videos, Libguides, y lecturas que se pueden utilizar como punto de partida para el desarrollo de sus propias actividades de divulgación; e
Información sobre cómo encontrar datos altmetrics, usando las aplicaciones más populares en altmetrics.
La popularidad de esta métrica ha sido provocada por el creciente rechazo al modelo actual de evaluación de la investigación donde predominan indicadores como el Factor de Impacto o el índice h.
Además, declaraciones como DORA o el Manifiesto de Leiden han puesto sobre el tapete la necesidad de encontrar métricas alternativas al modelo actual para poder tener una visión completa de la evaluación.
Si desean complementar la guía con algo visual les recomiendo este video elaborado por la misma empresa:
El acceso abierto sigue siendo un camino duro por recorrer para los investigadores
La editorial académica De Gruyter acaba de realizar una encuesta para conocer la percepción y el uso del acceso abierto (OA) por parte de un grupo de investigadores de diversos países para establecer sus opiniones respecto a los nuevos modelos de publicación. Los resultados muestran cierto progreso en la publicación de trabajos científicos en OA pero a la vez también la renuencia de los investigadores por apostar por este modelo.
En lo referente a la ruta dorada, es decir a la publicación de artículos científicos, los resultados muestran que el OA es valorado pero que es el esfuerzo solo de un grupo pequeño de profesionales motivados. La mayoría de los encuestados cree que el acceso abierto es útil y cumple con los estándares éticos de la investigación aunque no consideran que sea imprescindible debido a que igual los lectores interesados accederán de algún u otro modo a un documento.
Otro aspecto a destacar es que los encuestados consideran que el libro sigue siendo un vehículo importante para la transmisión de conocimiento y enseñanza aunque su publicación básicamente está enmarcada en el modelo tradicional.
Sin embargo, lo interesante es que uno de los principales problemas sobre el OA que muestra la encuesta es que los autores tienen falta de conocimiento y consideran complejo el tema de los derechos de autor. Las tablas muestra que los investigadores continúan apostando por el copyright.
Sólo el 28.6% de los autores han publicado al menos 1 paper en los últimos 3 años mientras que solo un 5% de todos los investigadores depositó un libro o un capítulo del libro en un repositorio. Respecto a las tasas de publicación (Article Processing Charge) el 23.8% de los autores que publicaron en acceso abierto manifestaron haber pagado este importe. La respuesta común frente a las tasas es que es complicado conseguir financiamiento para la publicación.
De otro lado, el sondeo divide a los encuestados en 2 grupos: los provenientes de países donde el ingreso per cápita es igual a menor a US$20000 y el otro conformado por los que superan esa cantidad.
Bajo esta consideración se establecieron los siguientes hallazgos:
1) Los autores de países menos ricos son aún más propensos a aceptar tanto la ventaja promocional como la posibilidad de mayor citación a través del acceso abierto.
2) Los investigadores de países menos ricos sienten que están bajo la presión de sus colegas o supervisores para publicar en acceso abierto.
3) En el mismo grupo, los autores consideran que el acceso abierto permite la elección de un editor de libros y una revista para publicar aunque no existe una correlación directa con la importancia del acceso abierto.
El segundo punto es controversial y debe ser motivo de exploración debido a que se manifiesta una presión para publicar en OA. Lo que he observado por el contrario es que los investigadores de la región buscan publicar en acceso abierto como una vía más rápida y para contar con una mejor vitrina para sus investigaciones.
Genomic Data Commons : la plataforma que busca mejorar el tratamiento de la lucha contra el cáncer
De acuerdo a la Organización Mundial de la Salud, el cáncer es una de las principales causas de mortalidad en el mundo. Para sustentar esta afirmación veamos una cifra: en el año 2012 hubo unos 14 millones de nuevos casos y 8,2 millones de muertes relacionadas con el cáncer. De algún modo hemos sido afectados por esta enfermedad debido a la pérdida de algún familiar o un ser querido. En mayo de 2015, el vicepresidente de EE.UU. Joe Biden perdió a su hijo debido a un cáncer cerebral. Sin embargo, este hecho como muchos otros alienta a buscar tratamientos y terapias efectivas para luchar contra esta enfermedad. Una de estas iniciativas es Genomic Data Commons, un portal con datos abiertos que pretende dar las herramientas necesarias para lograr este objetivo.
Biden ha sido impulsor de GDC y ha logrado financiamiento gubernamental de alrededor de US$1000 millones para la iniciativa. La plataforma promueve el intercambio de datos para lograr medicina de precisión en oncología. No es sólo una base de datos o una herramienta sino que es una red de conocimientos expandible que promueve el apoyo a la importación y la normalización de los datos genómicos y clínicos de los programas de investigación del cáncer financiados por EE.UU.
La GDC contiene datos generados a partir de algunos de los más completos conjuntos de datos genómicos de cáncer, incluyendo el Atlas del Genoma del Cáncer y de Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Therapies (TARGET). Por primera vez, estos conjuntos de datos se han unificado por lo que los datos pueden ser comparados directamente.
En esta entrevista, Louis Staudt, director del GDC ofrece mayor información del recurso.
Hasta el momento tiene almacenados 39 proyectos, 14 mil 531 casos y 250 mil 498 archivos que comprenden 87.96 terabytes de información.
Si desean explorar el recurso y su potencial ingresen a:
https://gdc-portal.nci.nih.gov/
Wellcome Open Research : hacia un nuevo modelo de publicación científica
El juego del impacto académico obliga a que los investigadores anden desesperados por publicar pero sobre todo por ser citados. La expresión publica o perece que hasta hace algún tiempo era la premisa que manejaban los académicos de todas las disciplinas se ha modificado por la siguiente expresión pública, sé citado o perece. A esta presión se aúna el hecho de que no solo se tiene que publicar sino también que los trabajos tienen que ser admitidos y publicados en revistas con alto factor de impacto. Ante este entorno nada favorable para los académicos, nace Wellcome Open Research, una plataforma que permitirá la publicación rápida de trabajos en solo una semana.
Muchas veces existe la idea errónea de que los procesos de publicación de este tipo no pasan por el proceso de revisión por pares clásico. Sin embargo, esta creencia es totalmente errónea. En principio, Wellcome Open Research empleará los servicios desarrollados por F1000Research para dinamizar la publicación rápida de investigaciones con el objetivo de mejorar la replicación y la transparencia de trabajos.
En este servicio, el autor escoge los pares para la revisión del trabajo. Las personas seleccionadas deberán tener la calificación y los conocimientos correspondientes. Las identidades de estos revisores y sus comentarios sobre el artículo publicado serán visibles para el público y al autor puede incluso publicar la retroalimentación de la revisión por pares. Otra ventaja es que los datos que acompañan al documento son publicados de forma abierta con el fin de que otros científicos para volver a analizar los datos recogidos y abrir la posibilidad de reproducir el estudio.
Además, si el artículo es aprobado por los pares ésta será indexada en las principales bases de datos bibliográficas y será depositada en Pubmed Central y Europe PMC.
De otro lado, la iniciativa busca contribuir con el movimiento de acceso abierto invocando a los investigadores a decidir frente a un modelo que enfrenta muchos problemas frente a un nuevo modelo que busca la innovación y la diseminación rápida, y probabilidad de citación.
La decisión está en ti.
La iniciativa empezará a funcionar el siguiente mes pero ya pueden revisar algunos avances en:
